Anime

Sau cái chết của Assassin, Kotomine Kirei coi như đã hoàn thành trọng trách trong việc thu nhập thông tin cho nhà Tohsaka. Kirei là một người Thừa Quyết ( kẻ chuyên đi giết các pháp sư ), hắn là một con người lạnh lùng, vô cảm cũng như không có bất kì khát vọng nào trong cuộc sống. Hắn giống Kiritsugu luôn dùng vũ khí để giết các pháp sư khác. Có thể nói Kirei là đối thủ lớn nhất của Kiritsugu Emiya. Servant của hắn Assassin - Hassan-i-Sabbah là thủ lĩnh của một nhóm Fedayeen ( có nghĩa là sự hi sinh vì Chúa ), các Assassin có rất nhiều phân thân  họ là cái bóng của các Anh Linh. Mặc dù không còn Servant nhưng Chén Thánh lại một lần nữa lựa chọn Kirei cho vị trí Master dù vẫn chưa có Servant nào được giải trừ khế ước. 

Sau một thời gian im hơi lặng tiếng Caster đã có hành động, hắn lấy bản thân mình làm vật hấp thụ cho quái vật từ quyển sách. Ma lực của Caster đã làm các Servant khác chú ý đến và họ cùng nhau tiêu diệt hắn. Kế hoạch là Saber và Rider sẽ kéo Caster ra khỏi rồi Lancer sẽ phóng thương tiêu diệt hắn. Tuy nhiên tốc độ hồi phục của Caster quá nhanh điều đó gây mất khá nhiều thời gian trong việc diệt hắn. Archer và Master của hắn vẫn đang ở trên cao quan sát. Berserker đã biến một chiếc máy bay đang trinh sát xung quanh thành một bảo khí và tấn công Archer. Còn Tohsaka thì tấn công Matou Kariya - Master Berserker. Trong khi các Anh Linh bận rộn với Caster thì Kiritsugu đằng xa đã bắn hạ Master của Caster ( Ryuunosuke ). Tuy rằng Master đã chết nhưng đối với Caster - một pháp sư thì việc duy trì ma pháp không khó khăn.  

  Tay trái của Saber có thể sử dụng bảo khí Diệt Thành tiêu diệt được Caster trong một đòn đánh. Chính vì thế Lancer đã tự bẻ cây kim thương của mình để giải trừ lời nguyền cho Saber. 

 Tuy thoát được cái chết sau khi đấu vơi Tohsaka, Tokiomi đã tìm đến Matou nhưng không giết hắn mà lại chữa trị cho hắn. Rider đã cố giam Caster trong Cố Hữu Kết Giới trong vòng vài phút để cho Saber chuẩn bị dùng Excalibur. Sau khi mới hồi phục được tay trái thì Saber bị Berserker tấn công sau đó Berserker bị Archer hạ. Khi thả Caster tại điểm mà Kiritsugu phát tín hiệu thì lập tức Saber dùng Excalibur tiêu diệt hắn trên sông Mion.

   Kayneth đã có được lệnh chú từ Giáo Hội vì công lao của Lancer trong việc hạ gục Caster là rất lớn. Sola vợ của Kayneth đã bị người của Kiritsugu chặt đứt tay có lệnh chú và bị bắt làm con tin. Saber đến nơi của Lancer tiếp tục trận đánh lần trước mặc dù cả hai đã khá mệt mỏi sau trận đấu vừa rồi. Tuy nhiên Kiritsugu dùng Saber để cầm chân Lancer còn mình thì giao kèo với Kayneth bản khế ước Geas rằng mình sẽ không giết hai người họ với điều kiện dùng lệnh chú ép Lancer tự sát. Lancer mang theo nỗi hận thù, nỗi nhục của hiệp sĩ và tan biến. Thế nhưng sau đó trợ thủ của Kiritsugu đã giết Kayneth. Saber rất bất mãn với hành động này của Kiritsugu.

  Không lâu sau Tohsaka yêu cầu thành lập liên minh với nhà Emiya, Iris đã đồng ý đình chiến với Tohsaka trước khi tiêu diệt các pháp sư khác. Người trông coi giáo hội sau khi đưa cho Kayneth lệnh chú thì bị giết tại đó, ông đã truyền lại ấn tích cho Kotomine Kirei. Sự thật đằng sau cuộc chiến Chén Thánh là hiến tế 7 linh hồn của Anh Linh mới có thể triệu hồi chén thánh. Chính vì điều đó Archer đã từ bỏ Master của mình để làm Servant của Kirei, và hắn đã tự tay giết chết thầy của mình (Tohsaka). 

    Nhân lúc Irisveil cơ thể đang yếu đi Berserker giả làm Rider bắt cóc cô ấy. Chính điều này dẫn đến cuộc chiến giữa Saber và Rider. Cô tung chiêu quyết định nhưng Rider đã trốn thoát. Iris bị bắt cóc nhằm làm vỏ chứa triệu tập chén thánh. Rider đấu với Archer, Rider sử dụng cố hữu kết giới nhưng đã bị Archer dùng Ea phá hủy. Sau khi cố hữu kết giới tan rã, Rider đã đấu một trận tay đôi với Archer và chết đi.

(Chén Thánh đã đầy)   Cuộc chiến đã đến hồi kết thúc, lúc này chỉ còn Archer và Saber. Archer đã nói với Saber hãy hạ kiếm xuống và làm vợ của ta =)) và đương nhiên Saber coi đây là một sự sỉ nhục và từ chối. Nhận thức được mối đe dọa của Chén Thánh Kiritsugu đã dùng 2 lệnh chú còn lại ép Saber phá hủy chén thánh. Tuy nhiên việc phá hủy chén thánh đã dẫn đến một hậu quả khôn lường. Cả thành phố Fuyuki ngập tràn trong biển lửa, trong tuyệt vọng Kiritsugu tìm kiếm những người còn sống sót.